Al-Qur’an adalah kitab Allah ta’ala yang mengajak kita untuk mengarungi makna hidup yang terkandung didalamnya sebagai cahaya bagi gelapnya dunia, merupakan sistem hidup yang mengarahkan orang-orang yang beriman untuk mewujudkan kehidupan dalam bingkai keimanan. Al-Qur’an senantiasa hadir untuk mengajak manusia untuk selalu berusaha, mengadakan persiapan, memanfaatkan setiap media, dan yang terpenting mempersiapkan diri untuk mengemban amanah yang mulia di muka bumi ini.
Karenanya, kebutuhan menghafal, mentadaburi, dan mengamalkan isi Al-Qur’an menjadi sebuah tuntutan mendasar bagi keutuhan sebuah bangsa, dikarenakan keberadaan para Penghafal Al-Qur’an mampu menjadikan sebuah negara melakukan lompatan kejayaan menuju cita – citanya yaitu negeri yang makmur, aman dan sejahtera.
Islamic Boarding School MTsN 6 berkontribusi kuat untuk mendidik dan mencetak generasi yang Qur’ani, mandiri dan berprestasi ditengah tantangan masyarakat masa kini. Tidak hanya terbatas pada hafalan, dan pemahaman saja tetapi juga teramalkan dengan baik dalam sendi-sendi kehidupan para santri dan peserta didiknya.
Namun, dalam pembelajaran sehari-harinya IBS MTsN 6 menggunakan 3 bahasa, yaitu Bahasa Arab, Bahasa Inggris dan Bahasa Indonesia.
Untuk nilai-nilai Islam, seluruh peserta didik di IBS MTsN 6 akan mempelajari Al-Qur’an, Hadist, Fiqh, Akidah, Akhlak, Tafsir, Islamic History yang tetap berasas pada Al-Qur’an dan Sunnah Nabi Muhammad SAW.
Hal ini tercermin agar dapat merealisasikan visi dan misi MTsN 6 yang telah berdiri sejak 1981 dan terakreditasi A untuk mencetak anak bangsa yang Religius, Unggul, Karismatik, Mandiri, Adaptif. Oleh karena itu pada tahun ajaran 2023/2024, MTsN 6 membuka Islamic Boarding School khusus Putri yang berlokasi di Jl. Mangga, Batu Ampar, Kec. Kramat jati, Kota Jakarta Timur.